مرجع عالیقدر در این دیدار ضمن تجلیل از خدمات ارزنده و شایسته آیت الله حسینی بوشهری مدیر سابق حوزه های علمیه از آیت الله اعرافی به عنوان یک شخصیت کارآمد و دارای سوابق مدیریتی بسیار با ارزش یاد کردند. ایشان خدمات و اقدامات آیت الله اعرافی در اداره جامعه المصطفی العالمیه را بسیار مهم و تاثیر گذار دانستند و اظهار امیدواری کردند که ایشان در مسؤولیت جدید خود که بسیار مهم، خطیر و در عین حال ارزشمند است، بتوانند منشأ اقدامات ارزنده باشد.
حضرت آیت الله العظمی نوری همدانی مدظله العالی خطاب به آیت الله اعرافی گفتند: امیدواریم بتوانید کارهای خوبی که در گذشته انجام شده است را تقویت کنید و تجارب ارزنده خود در عرصه موفق جامعه المصطفی را به حوزه منتقل کنید. ایشان در ادامه توصیه هایی خطاب به مدیر جدید حوزه های علمیه متذکر شد و افزودند: نخستین مطلب این که باید برنامه جدی برای تخصصی کردن علوم در حوزه ها انجام گیرد تا در دنیای امروز حوزه بتواند در عرصه های مختلف پاسخگو باشد و با توجه به هجمه دشمنان این مساله ضرورت دو چندان پیدا کرده است.
دومین نکته و توصیه ای که حضرت آیت الله العظمی نوری همدانی مدظله العالی خطاب به مدیر حوزه متذکر شد لزوم هجرت طلاب و عدم تمرکز در حوزه قم بود. معظم له در همین ارتباط از خالی شدن شهرها از علمای بزرگ اظهار نگرانی و نسبت به پیامدهای این امر هشدار دادند. بروز رسانی علوم حوزوی سومین توصیه حضرت آیت الله العظمی نوری همدانی مدظله العالی به مدیر حوزه های علمیه بود، مرجع عالیقدر شیعیان در این خصوص تاکید کردند: حوزه علاوه بر این که باید سنتی بودنش را حفظ کند اما باید خود را به روز کند تا بتواند به نیازهای پاسخ دهد.
حضرت آیت الله العظمی نوری همدانی مدظله العالی با تاکید بر حفظ استقلال حوزه های علمیه، این مساله را صد درصد لازم دانستند و تصریح کردند: من معتقدم که حوزه باید مستقل باشد یعنی هیچ گونه وابستگی به هیچ دولتی نداشته باشد کما اینکه تا به امروز مکرر حوزه مطالبی را به دولت ها تذکر داده و استقلال خود را حفظ کرده و این استقلال حوزه باید ادامه داشته باشد. استاد برجسته درس خارج حوزه علمیه قم در عین حال نسبت به برداشت های ناصواب از استقلال حوزه هشدار دادندو گفتند: اگر از استقلال حوزه به دنبال جدایی حوزه از اصل نظام اسلامی باشیم به هیچ وجه پذیرفتنی نیست.
ایشان اظهار داشتند: نظام اسلامی زاییده حوزه ها و تلاش علمای دین و روحانیت بوده لذا باید بدانیم که امروز دفاع از نظام اسلامی لازم و واجب است.
حضرت آیت الله العظمی نوری همدانی مدظله العالی نکاتی را نیز درباره لزوم انقلابی ماندن حوزه متذکر شدندو خاطرنشان کردند: حوزه باید انقلابی باشد؛ دست اندرکاران حوزه درسطوح مختلف انقلابی نگه داشتن حوزه برای شان اصل باشد و در این عرصه با کسی تعارف نکنند. معظم له افزودند: همه برسر سفره این اسلام و انقلاب و تشیع هستیم و برای نگه داری آن باید تلاش کرد. حضرت آیت الله العظمی نوری همدانی مدظله العالی ادامه دادند: حوزه زنده حوزه ای است که در مسائل مختلف ورود پیدا کند و سیاست اسلامی و انقلابی را به دنیا نشان دهد و همان راهی كه امام به ما نشان داد با قدرت و قوت ادامه دهیم که مسوولیت آن در درجه اول متوجه حوزه های علمیه است.
مرجع عالیقدر بار دیگر بر کمک همه حوزویان و علما و اساتید و طلاب به مدیر جدید حوزه های علمیه در به سامان رسیدن امور تاکید کردند و گفتند: اینجانب هم حمایت می کنم و هم برای موفقیت شما در این کار مهم و مقدس دعا می کنم.